15 августа 1990 г. приказом POO из состава средней школы №4 была выделена неполная средняя школа №3. Директором нового образовательного учреждения стала Симонова Светлана Александровна.
   В 3 школу перешло 15 классов-комплектов и группа учителей из школы № 4 города Вельска. В августе педагогический коллектив стал дружной строительной бригадой. Была проделана большая и сложная работа. Первого сентября 1990 года на центральной площади города состоялась торжественная линейка, посвящённая открытию нового учебного года в школе №3.
   Учебный процесс начался 18 сентября 1990 года. Школу посещали 484 учащихся и работали 28 учителей. Были проблемы с наглядными пособиями, с организацией питания.
На месте спортзала был гараж, его пришлось специально ремонтировать и оборудовать. Уроки физкультуры проводились в детско-юношеской спортивной школе. Через два года открыли спортивный зал. Позже пришло оборудование для кабинета информатики. В 1992 году для организации питания учащихся передано помещение магазина в соседнем здании по Дзержинского д.21.
   С 1990 по 1997 год директором школы была Симонова Светлана Александровна, заместителем директора была Данилова Нина Ивановна. Первый учебный год на «4» и «5» закончили 185 учеников, похвальным листом награждено 11 человек. С каждым годом увеличивалось число классов, количество учащихся и учителей. Результаты работы школы по успеваемости и качеству знаний за все годы работы были выше средних показателей по району.
   В 1993 году в школе был первый выпуск одиннадцатиклассников (классный руководитель Шарыпова Елизавета Николаевна). С 1997 года по апрель 2001г директором школы была Силуянова Тамара Ивановна. Заместитель директора по учебной работе Щекина Валентина Александровна начала работу в должности руководителя с 1997 года.
Третьим директором школы №3 с 2001 года стала Акентьева Анна Викторовна.
Школа №3 самая молодая по сравнению с другими образовательными учреждениями города. Педагогический коллектив школы имеет высокий профессиональный уровень и потенциал. В образовательном учреждении трудились заслуженные учителя Российской Федерации Сухановская Галина Ивановна и Болдов Игорь Александрович.
   На сегодняшний день школа 100% укомплектована педагогическими кадрами, средний возраст педагогов 39,7 лет.
   С 2001 года в ОУ реализуются программы профильного обучения, в 2004 году школа являлась областной экспериментальной площадкой по введению предпрофильной подготовки и профильного обучения.
   За последние годы коллектив нашей школы неоднократно получал одобрение и признание своей работы. В 2007 году школа является победителем конкурса общеобразовательных учреждений, внедряющих инновационные образовательные программы по приоритетному национальному проекту «Образование».
   Всего выпущено 37 медалистов, из них 5 с золотой медалью. С 2012 года муниципальное бюджетное образовательное учреждение «Средняя общеобразовательная школа №3 г.Вельска» является областной пилотной площадкой во введению ФГОС ООО.